一、防雜：棉種在收獲、輾軋、存放的時(shí)候，都要因品種分開單獨(dú)進(jìn)行，避免人為混雜和機(jī)械混雜，以確保種子的純度和質(zhì)量。倉(cāng)庫大量貯藏時(shí)，采取袋裝，并在種子入庫時(shí)掛牌標(biāo)明品種的名稱、等級(jí)、產(chǎn)地、入庫年月。在翻曬、倒倉(cāng)、加工精選、調(diào)運(yùn)以及出庫銷售時(shí)，要認(rèn)真檢查核對(duì)標(biāo)簽，以防混雜。一個(gè)庫房?jī)?nèi)存放多個(gè)品種的，散落在地面上的種子不得再做種。
　　二、防潮：種子受潮，呼吸作用旺盛，養(yǎng)分消耗多，往往會(huì)使棉種發(fā)芽率降低，甚至喪失。因此，不論是倉(cāng)庫大量貯藏，還是農(nóng)戶少量存放，都要注意防潮。家庭存放不要放在濕度大的地方，倉(cāng)庫大量存放時(shí)，庫房地面放置墊木，再把種袋垛在墊木上。
　　三、防熱：棉花是多次收獲的作物，不同收獲期的棉籽，其成熟度、含水量都有很大差異，如果大量堆放，常常造成種子呼吸作用加強(qiáng)，如果通風(fēng)不好，很容易引起種堆發(fā)熱。因此，棉種入庫前必須充分曬干，使含水量降至12％以下，同時(shí)，種袋不要垛得過高，裝至倉(cāng)容的一半左右即可，zui多不要超過倉(cāng)容的70％，貯藏期間要定期檢查，當(dāng)發(fā)現(xiàn)種子微熱時(shí)，就要及時(shí)將種袋攤開散熱降溫。
　　四、防鼠：冬季，天寒地凍，棉種倉(cāng)庫是老鼠躲藏和食宿的理想場(chǎng)所，必須采取有效措施防止老鼠咬壞種子。可在倉(cāng)庫各處放置藥物，毒殺老鼠；也可在倉(cāng)門口設(shè)置防鼠板，阻止老鼠進(jìn)入庫房。